برمجه

تحليل بيانات الجينوم من الات الجيل التالي من السلسله (الجزء الاول)

في المقالات السابقه [كيف بدأ الـ (Sequencing) , الات الجيل الثاني من السلسله تحدثنا عن الجزء العملي من تقنيات السلسله وتطرقنا الي كثير من المواضيع في فهم معني الـ (Sequencing) وتاريخه وكيف يتم بالمعمل .. بدأت تقنيات السلسلة في الظهور في الربع الأخير من القرن ال 19 علي يد العالم سانجر وزملائه حيت اعتمدت طريقتهم علي إضافة قواعد جديدة لها القدرة علي إنهاء تفاعل السلسلة للشريط المضافة له وتلك القواعد تسمي (dideoxy nucleotides) حيث تمنع القاعدة التي تليها من أن [...]

Read more...

نصائح لتجنب اخطاء تعلم الاله في المعلوماتيه الحيويه (الجزء الاول)

| مقدمه أصبح تعلم الاله (Machine learning) أداة محورية للعديد من المشاريع في البيولوجيا الحاسوبية والمعلوماتية الحيوية والمعلوماتية الصحية , ومع ذلك ، لا يتمتع المبتدئين والباحثون الطبيون في كثير من الأحيان بخبرة كافية لتشغيل مشروع لاستخراج البيانات بشكل فعال ، وبالتالي يمكنهم اتباع ممارسات غير صحيحة قد تؤدي إلى أخطاء شائعة أو نتائج مفرطة في التفاؤل , في هذا المقال ، نقدم 5 نصائح سريعة للاستفادة من التعلم الآلي في سياق علم في الأحياء الحسابي ، من خلال تجنب [...]

Read more...

مدخل الي (biocoundictor)

| مقدمه السلام عليكم , سنتحدث اليوم عن مخزن الخوارزميات الاشهر والاهم في مجال المعلوماتيه الحيويه وهو مخزن ال (Bioconductor) , وهو عبارة عن مشروع حر ومفتوح المصدر لتطوير البرمجيات لتحليل وفهم البيانات الجينية الناتجة عن التجارب المختبرية في البيولوجيا الجزيئية , كما تحدثنا من قبل انه من المستحيل التعامل مع البيانات البيولوجيه الكبيره يدويا او بالنظر لذلك نلجا الي لغات البرمجه الاحصائه مثل (R) كما تحدثنا في مقال سابق يعتمد Bioconductor في المقام الأول على لغة برمجة (R) الإحصائية ، [...]

Read more...

مدخل الي تحليل البيانات بلغة الار

| مقدمه اليوم سنتحدث عن لغه هي من اهم لغات البرمجه المستخدمه في مجال المعلوماتيه الحيويه وهي لغة ال R R هي لغه احصائيه يتم استخدامها في مجال المعلوماتيه الحيويه لتحليل البيانات البيولوجيه , كما نعرف ان البيانات التي تخرج من معظم التقنيات الحديثه في علم الاحياء الجزيئي تكون كبيرة الحجم ويصعب تحليلها بواسطة العين المجرده او الطرق المعمليه التقليديه لذلك يلجأ العلماء الي تحليل البيانات بواسطة لغات برمجيه وعادة تكون لغه من ثلاث لغات وهم (R , python , perl [...]

Read more...

تحليل بيانات (microarray) الجزء الثالث

| مقدمه اذا كنت وصلت الي هذا المقال , فبالتاكيد انت انت قرأت الثلاث مقالات السابقه وفهمتهم فهم جيدا لتكمل معنا في هذا المقال الذي سنحاول ان ننهي فيه ما بدأناه في هذه السلسله المكونه من 4 مقالات تبدأ بمبدأ بتقنية ميكرواراي وتنتهي بتحليل بيانات التقنيه | العديد الاختبارات من اجل ميكرواراي في بداية هذا المقال سأحاول ان اوضح الفرق بين الاختبارات المستخدمه في تحليل البيانات وايهم افضل للاستخدام , حيث هناك اختبارات عديده تستخدم في تحليل البيانات ولكن لا نعرف لماذا [...]

Read more...

الـ Plotting في برمجة R

| مقدمه اليوم سنتحدث عن كيفية انشاء الرسوم البيانيه والرسوم التوضيحيه التي تعبر عن مجموعة البيانات الخاصه بنا باستخدام برمجة R سنأخذ نظره عامه فقط علي هذه الرسوم وكيفية انشاءها , يمكن ان نعتبره من مقالات الحجم القصير , وهذا لسبب بسيط ومهم ايضا , وهو ان الموقع يقوم بتجهيز كورس مكون من 8 مقالات عن الـ Plotting في برمجة R , باستخادم بيانات خاصه بمجموعه كبيره من الكروموسومات البشريه وسنتعلم في هذا الكورس وهذه السلسه العديد من المهارات في برمجة [...]

Read more...

تحليل بيانات تقنية (ChIP-seq)

| مقدمه تحدثنا في المقال السابق عن مبدأ عمل تقنية (ChIP-seq) حيث تعتمد فكرة الترسيب المناعي في الاساس علي مبدأ أرتباط بروتين معين بالاجسام المضاده (anti bodies) المضاف اليها احدي الخصائص التي يمكن الكشف عنها وفصلها كمواد غير قابله للذوبان في الماء أو مواد مغناطيسيه أو مواد ضوئيه ويستخدم في الأصل للكشف عن وجود بروتينات معينه في الدم كدلالات الأورام او أنتيجنات سطح الخليه السرطانيه أو الفيروسات ومن هنا يمكن ترتيب خطوات التقنيه في سبع خطوات أساسيه. في البدايه دعنا [...]

Read more...

تعلم الاله بدون اشراف (unsupervised machine learning)

السلام عليكم , اليوم سنتحدث عن مجال حديث نسبيا في مجال تحليل البيانات , وهو كالعاده ليس خاص فقط بمجال تحليل البيانات البيولوجيه , انما هو عام لتحليل البيانات بشكل عام , تحليل االبيانات بتعلم الاله الغير خاضع للاشراف (unsupervised machen learning) , كلمات تبدو مركبه ومعناها الحقيقي غير واضح ليس هذا فحسب انما كيف يمكن ان نستخدمها في المجال الحيوي او المعلوماتيه ال حيويه .. في البدايه دعنا نتحدث عن مصطلح machen learning او تعلم الاله , المقصود بتعلم [...]

Read more...

الخطوه الاولي في تحليل البيانات (Pre – processing) باستخدام لغة البايثون

اليوم سنتطرق الي جزء احصائي بسيط ولكنه احد اهم الخطوات الاحصائيه في تحليل البيانات وهو المعالجه المبدأيه للبيانات (Data Pre - processing) , التعريف المبدأي لهذا المصطلح الاحصائي المهم هو انها تقنية لاستخراج البيانات تتضمن تحويل البيانات الخام إلى تنسيق يمكن فهمه غالبًا ما تكون بيانات الات السلسه غير كاملة وغير متسقة أو تفتقر إلى سلوكيات أو اتجاهات معينة ، ومن المحتمل أن تحتوي على العديد من الأخطاء و تعد المعالجة المسبقة للبيانات طريقة مجربة لحل مثل هذه المشكلات [...]

Read more...
Justin Pugh Authentic Jersey