تعال لنأخذك في رحله لاستكشاف البرمجهالاحصاءالاخبارالتقنيات من اجل المعلوماتيه الحيويه باللغه العربيه

برمجه
تقنيات
احصاء
اخبار

  • الكل
  • احصاء
  • احياء
  • الاخبار
  • برمجه
  • تقنيات
  • تكنولوجيا حيويه
  • لم يصنف بعد
  • مقال عام

عالم مصري يُشارك في اكتشاف اليه جديده لدراسة التشوهات الجينيه

| مقدمه من المعروف لأي شخص أن اي نظام حي به اضطرابات يوجد به مشاكل وينتهي به الحال الي الهلاك , ولكن في علم الوراثه هناك مصطلح يسمي (Robustness) وهو يعني “المتانه الوراثيه” أو قدرة الخليه علي التكيف مع نظام به خلل , وقد يكون هذا الخلل من طفرات في الحمض النووي (DNA) , و […]

تحليل بيانات الجينوم من الات الجيل التالي من السلسله (الجزء الاول)

في المقالات السابقه [كيف بدأ الـ (Sequencing) , الات الجيل الثاني من السلسله تحدثنا عن الجزء العملي من تقنيات السلسله وتطرقنا الي كثير من المواضيع في فهم معني الـ (Sequencing) وتاريخه وكيف يتم بالمعمل .. بدأت تقنيات السلسلة في الظهور في الربع الأخير من القرن ال 19 علي يد العالم سانجر وزملائه حيت اعتمدت طريقتهم […]

نصائح لتجنب اخطاء تعلم الاله في المعلوماتيه الحيويه (الجزء الاول)

| مقدمه أصبح تعلم الاله (Machine learning) أداة محورية للعديد من المشاريع في البيولوجيا الحاسوبية والمعلوماتية الحيوية والمعلوماتية الصحية , ومع ذلك ، لا يتمتع المبتدئين والباحثون الطبيون في كثير من الأحيان بخبرة كافية لتشغيل مشروع لاستخراج البيانات بشكل فعال ، وبالتالي يمكنهم اتباع ممارسات غير صحيحة قد تؤدي إلى أخطاء شائعة أو نتائج مفرطة […]

مدخل الي (biocoundictor)

| مقدمه السلام عليكم , سنتحدث اليوم عن مخزن الخوارزميات الاشهر والاهم في مجال المعلوماتيه الحيويه وهو مخزن ال (Bioconductor) , وهو عبارة عن مشروع حر ومفتوح المصدر لتطوير البرمجيات لتحليل وفهم البيانات الجينية الناتجة عن التجارب المختبرية في البيولوجيا الجزيئية , كما تحدثنا من قبل انه من المستحيل التعامل مع البيانات البيولوجيه الكبيره يدويا […]

مدخل الي تحليل البيانات بلغة الار

| مقدمه اليوم سنتحدث عن لغه هي من اهم لغات البرمجه المستخدمه في مجال المعلوماتيه الحيويه وهي لغة ال R R هي لغه احصائيه يتم استخدامها في مجال المعلوماتيه الحيويه لتحليل البيانات البيولوجيه , كما نعرف ان البيانات التي تخرج من معظم التقنيات الحديثه في علم الاحياء الجزيئي تكون كبيرة الحجم ويصعب تحليلها بواسطة العين […]

تحليل بيانات (microarray) الجزء الثالث

| مقدمه اذا كنت وصلت الي هذا المقال , فبالتاكيد انت انت قرأت الثلاث مقالات السابقه وفهمتهم فهم جيدا لتكمل معنا في هذا المقال الذي سنحاول ان ننهي فيه ما بدأناه في هذه السلسله المكونه من 4 مقالات تبدأ بمبدأ بتقنية ميكرواراي وتنتهي بتحليل بيانات التقنيه | العديد الاختبارات من اجل ميكرواراي في بداية هذا […]

الـ Plotting في برمجة R

| مقدمه اليوم سنتحدث عن كيفية انشاء الرسوم البيانيه والرسوم التوضيحيه التي تعبر عن مجموعة البيانات الخاصه بنا باستخدام برمجة R سنأخذ نظره عامه فقط علي هذه الرسوم وكيفية انشاءها , يمكن ان نعتبره من مقالات الحجم القصير , وهذا لسبب بسيط ومهم ايضا , وهو ان الموقع يقوم بتجهيز كورس مكون من 8 مقالات […]

شجرة تطور السلالات (phylogenetic tree)

| مقدمه تعتبر الارض مستقراً لأكثر من مليون نوع مختلف من الكائنات ما بين أحادي الخليه ومتعدد الخلايا ترتبط تلك الكائنات معاً بروابط جينيه مشتركه ولطالما كان حل تلك الروابط الجينيه ومعرفة صلة القرابه بين كل الانواع واحدةً من تحديات علم الاحياء علي مر العصور ماذا عن تطور السلالات ؟ هو دراسة العلاقات التطورية بين […]

مجموعه بحثيه تكشف تأثير (الميكروبيوم المعوي) علي فعالية الدواء

| مقدمه تاريخنا مع البكتيريا او الميكروبات عموما كبير وحافل بالتطبيقات مثل المضادات الحيوية والخمور الخ .. ,  ولكن فكرة ان المنفعة تكون من طرف واحد ملغية تماماً من الوجود في اي علاقة بين اثنين (عائل و طفيل) وبالنظر الي الانسان كعائل للميكروبات المعوية سنجد أن  المنفعة المتبادلة هي  ان الميكروبات تقوم بهضم العناصر الاساسية […]

تقنية (DNA Microscopy) لدراسة اماكن الحمض النووي بالخليه

| مقدمه علي مر العصور السابقة طور الباحثون أدوات كثيرة لتساعدهم علي جمع المعلومات من العينات، و لكن الجهود المبذولة للحصول علي البيانات المكانية تتطلب أدوات مكلفة. فبدأ الباحثون محاولة الوصول الي أداة تساعدهم في ايجاد المعلومات المكانية و الجينية من نفس العينة بسهولة و توفر لهم المجهود و التكلفة و تكون بسيطة. و من […]

فريق بحثي مصري يقوم بدراسة الجينوم المصري لدراسة من امراض القلب

| مقدمه يرتبط الأشخاص المحاطين بنفس العوامل والبيئه المكانيه بصفات مشتركه و من هذه الصفات هي الصفات الوراثية حيث أن البيئه المحيطه بهم لابد أن تؤثر عليهم و لذلك قام مجموعه من الباحثين تحت إشراف دكتور مجدي يعقوب في وقت من ديسمبر 2015 إلى يونيو 2018 عبر طرق الإعلانات المختلفه بعرض فكره لدراسه المحتوى الجيني […]

تحليل بيانات تقنية (ChIP-seq)

| مقدمه تحدثنا في المقال السابق عن مبدأ عمل تقنية (ChIP-seq) حيث تعتمد فكرة الترسيب المناعي في الاساس علي مبدأ أرتباط بروتين معين بالاجسام المضاده (anti bodies) المضاف اليها احدي الخصائص التي يمكن الكشف عنها وفصلها كمواد غير قابله للذوبان في الماء أو مواد مغناطيسيه أو مواد ضوئيه ويستخدم في الأصل للكشف عن وجود بروتينات […]

تقنية (ChIP-seq)

| مقدمه تعتمد العديد من العمليات الحيويه داخل الخليه الحيه مثل عمليات الاسكات الجيني وتنظيم التعبير وزياده انتاجيه الجين علي التفاعل بين الجينات والبروتينات المرتبطه بها سواء كانت بروتينات تساهم في عوامل النسخ وتنظيم التعبير أو البروتينات الهستونيه المرتبطه بالجينات والتي تتتيح لها اسكات جينات معينه عن طريق اضافه مجموعه ميثيل قبل الجين أو فتح […]

مقدمه في البروتيومكس (Proteomics)

| مقدمه تحدثنا في المقالات السابقه عن تقنيات الجيل الجديد لالات السلسله حيث  أدى التطور التكنولوجي في مجال علم الجينوم (وهو دراسة كل المعلومات الوراثية داخل مختلف الكائنات الحية ) فالجينوم يمكن ان يخبرنا الكثير عن التركيب الوراثي ولكننا نحتاج لمعرفة ما تنتجه هذه الجينات وهذا يرجع الي ان كل خلايا الكائن الحي تحتوي علي […]

خوارزمية (BLAST)

بسم الله الرحمن الرحيم , اليوم سنتحدث عن احد اشهر برامج وخوارزميات المعلوماتيه الحيويه وهو (BLAST) , لن نتحدث عن الامور التاريخيه وكيف تم انشاءه الخ , سنتحدث عن ما هيته وفيم يستخدم وكيف يمكننا استخدامه يستخدم (BLAST) خوارزمية إرشادية لتحديد تسلسل “أفضل المطابقة” (المعروف أيضًا باسم أزواج القطاعات عالية النقاط أو HSPs) وهو الأداة […]

تحليل بيانات (microarray) الجزء الثاني

في هذا المقال سوف نستكمل ما بدأناه في المقال السابق , اعلم انه قد يبدو من الصعب فهم كل ما ورد في المقال السابق خاصة ممن ليس لديهم خلفيه في التحليل الاحصائي للبيانات , ولكن في هذا المقال ستتضح الصوره اكثر عن المقال السابق , في هذا المقال سوف نستخدم مجموعة بيانات من تجربة ميكرواراي […]

تعلم الاله بدون اشراف (unsupervised machine learning)

السلام عليكم , اليوم سنتحدث عن مجال حديث نسبيا في مجال تحليل البيانات , وهو كالعاده ليس خاص فقط بمجال تحليل البيانات البيولوجيه , انما هو عام لتحليل البيانات بشكل عام , تحليل االبيانات بتعلم الاله الغير خاضع للاشراف (unsupervised machen learning) , كلمات تبدو مركبه ومعناها الحقيقي غير واضح ليس هذا فحسب انما كيف […]

10 مجلات تجعلك متابعا لكل جديد في المعلوماتيه الحيويه

في هذا المقال سوف ننشر اليكم 10 مجلات تجعلك متابعا دائما لاحداث المعلوماتيه الحيويه وعلوم الجينوم حول العالم , مجلات ذات تاثير واسع ويقوم الباحثون في هذه المجالات بنشر ابحاثهم في المجال في هذه المجلات , بالطبع لا تشمل القائمه كل المجلات المهتمه بمجال المعلواتيه الحيويه ولكن هذه فقط بعض المجلات التي نعتقد انه من […]

الخطوه الاولي في تحليل البيانات (Pre – processing) باستخدام لغة البايثون

اليوم سنتطرق الي جزء احصائي بسيط ولكنه احد اهم الخطوات الاحصائيه في تحليل البيانات وهو المعالجه المبدأيه للبيانات (Data Pre – processing) , التعريف المبدأي لهذا المصطلح الاحصائي المهم هو انها تقنية لاستخراج البيانات تتضمن تحويل البيانات الخام إلى تنسيق يمكن فهمه غالبًا ما تكون بيانات الات السلسه غير كاملة وغير متسقة أو تفتقر إلى […]

الات الجيل الثاني من السلسله

| مقدمه تحدثنا سابقا عن كيفيه سلسله ال(DNA) و الطرق المختلفة لسلسلته مرورا بتفاعل سانجر الي يومنا هذا .وقد حان الوقت للتحدث عن الانظمة و الاجهزة المختلفة (Platforms) المستخدمه في هذة العمليه والتي تتطلب الدقه والكفائة مع اعتبار عامل الوقت والتكلفة ضمن المتطلبات الاساسيه لتصميم اي نظام مع تحديد ايا من انواع الجينومات وحجمها سيتم […]

كيف بدأ الـ (Sequencing)

| مقدمه يمثل تسلسل الحمض النووي او الـ (DNA) كتاب الاوامر والرسائل لجميع الكائنات الحيه فهو يحتوي علي مجموع الاوامر التي تمثل الحياه لأي خليه (تاريخها ..حاضرها ومستقبلها) , لذلك فإن معرفه تسلسله وفك شيفرته يعد ثورة في علوم الطب والاحياء علي وجه الخصوص , ولهذا دأب العديد من العلماء علي وضع تقنيات لفك شفرة تسلسله […]

جهاز جديد يعمل بنظام (crisper) يكتشف الطفرات الوراثية في دقائق

| مقدمه من المعروف أن تقنية (crisper) تستخدم في التعديل الجيني حيث سخر العلماء نظام كريسبر الموجود في البكتيريا أصلا, للتعديل علي الجينوم لأي نوع من الكائنات الحية ,عن طريق قص جزء معين من الحمض الوراثي DNA  الخاص بها بدقة لإزالة جينات مسؤولة عن اظهار صفة وراثية غير مرغوبة في الكائن الحي , او استبدالها […]

دراسه جديده تشير الي احتمال وجود علاقه بين شرب القهوه والسرطان

تعتبر القهوة والشاي من المشروبات الأساسية في حياة نسبة كبيرة من الناس علي مستوي العالم . فالقهوة من المشروبات المنتشر وجودها والتي يختلف عليها البعض لما لها من  فوائد صحية ومخاطر صحية ,أجريت البحوث العلمية الواسعة لدراسة العلاقة بين استهلاك القهوة والحالات الطبية المتعددة ,وقد اتفقت جميع اراء المجتمع الطبي العام أن الاعتدال في شرب […]

المعلوماتيه الحيويه لطلبة التكنولوجيا الحيويه

| مقدمه دائما يعتبر طلبة ودارسين العلوم الحيويه ان تعلم اساليب مجال العلوماتيه الحيويه علي انها شئ ثانوي بجانب تعلهم للعلوم الاساسيه خلال فترة دراستهم  ليس هذا فقط حيث انه في كثير من الاحيان تجدهم يعتبرون ان من عليه تعلم المعلوماتيه الحيويه (بشكل ثانوي ايضا) هم طلبة الوراثه فقط حيث ان هناك اعتقاد خاطئ عند […]

مجموعه من الباحثين يكتشفون علاج جديد لمرضي التليف الكيسي

تشير الارقام والاحصائيات ان واحدا من كل 10 افراد من مرضي التليف الكيسي لايستجيبون للعلاجات الشائعه والمعروفه التي يتعاطاها معظم مرضي التليف الكيسي , حيث ان العلاجات الحاليه لا تعمل مما يجعلهم في حالة من ضيق التنفس ونوبات من الالتهاب الرئوي والتهابات أخرى , ولكن تشير الابحاث ان هناك امل لحل هذه المشاكل بالنسبة لهم […]

تحليل بيانات Microarray (الجزء الاول)

تحدثنا في المقال السابق عن مبدأ عمل تقنية (Microarray) , كما ذكرنا ان المقالات القادمه سوف تكون لبعض الاحصائيات في تحليل بيانات (Microarray) دعنا ناخذ نظره عامه علي الشكل العام لتجربة (Microarray) | نظرة عامة على تحليل بيانات (Microarray) – أولاً ، يتم صياغة سؤال بيولوجي ثم يتم إنشاء تصميم تجريبي (ويفضل أن يتم ذلك […]

تقنية (microarray)

بسم الله الرحمن الرحيم , اليوم سنتحدث عن احد اهم واشهر تقنيات التعبير الجيني وهي تقنية (microarray) او تقنية رقائق الحمض النووي , نناقش في هذا المقال مبدأ عمل التجربه من الناحيه العمليه النظريه , وفي المقالات القادمه والتي تتكون من اكثر مقال سنناقش كيف يتم تحليل بيانات (microarray) ميكروأري هي أداة مختبرية تستخدم للكشف […]

مقدمه في مجال الميتاجينومكس

| مقدمه تدور الميكروبات حول العالم بكل بساطة. على الرغم من أننا لا نستطيع رؤيتهم عادة ، إلا أن الميكروبات ضرورية لكل جزء من الحياة البشرية – بل كل الحياة على الأرض – .  لا شك أن  كل عملية في المحيط الحيوي تتأثر  بقدرة الميكروبات التي لا نهاية لها . تُعد الكائنات الحيه الدقيقه احد […]

تريد دراسة الميكروبيولوجي ..؟ اليك اكبر 10 جامعات في العالم

علم الأحياء الدقيقة أو علم الميكروبات أو علم الميكروبيولوجيا هو العلم الذي يختص بدراسة الأحياء الدقيقة وحيدة الخلية ومتعددة الخلايا وكذلك عديمة النواة كالڤيروسات بما فيها بعض حقيقيات النوى مثل الفطريات والأوليات إضافة إلى بدائيات النوى مثل البكتيريا وبعض الطحالب رغم التطورات في هذا العلم فإن التقديرات تقول إنه لم يتم دراسة إلا 0.03% من […]

تصنيف الفطريات (الجزء الثاني)

في المقال السابق تحدثنا عن مقدمه في تصنيف الفطريات وكيف يتم تصنيف الحمض النووي ولكن لم نذكر اهمية التعريف الدقيق لاهمية تصنيف الفطريات او اهمية هذا المجال | اهمية التعريف السريع والدقيق للعينات الفطريه الفطريات هي كائنات حقيقية حقيقة النواه لا تحتوي علي بلاستيدات لذا فهي ذاتية التغذيه تحصل علي احتياجاتها من العناصر الغذائيه عن […]

تصنيف الفطريات

| مقدمه في العقد الاخير حدث تطور كبير جدا في تقنيات البيولوجيا الجزيئيه وبناء عليه حدث تطور كبير في كل العلوم التي تتعلق بهذه التقنيات , في الوقت نفسه حدث تغير كبير في تصنيف الفطريات حيث اعتمد علي تحليل النشوء الوراثي الجزيئي في توضيح نشاة الفطريات وتطورها وعلي تسلل الحمض النووي في تعريف الفطريات وتسجيلها […]

مقدمه في المعلوماتيه الحيويه (الجزء الاول)

| مقدمه الان ونحن في عام 2019 اصبح من الطبيعي جدا ان تلقي احد اصدقاءك في العام الدراسي الاول في احد كليات العلوم او الزراعه والطب والصيدله في مصر وتحدثه عن المعلوماتيه الحيويه ويفاجئك بانه يعرف الكثير عنها , علم المعلوماتيه الحيويه الذي اصبح الان اشبه بعلامه مسجله لكل طلبة الكليات العلميه وانتقل الان الي […]

تواصل معنا

Justin Pugh Authentic Jersey